ნინოწმინდის ტაძარი VI საუკუნეში აიგო. ის შედის საქართველოს უძველესი ტაძრების სამეულში, მეორეა – ტეტრაკონქის სტილში აგებულ ტაძრებში და ჯვრის მონასტრის უშუალო წინამორბედია. ტაძრის აგების თარიღად 575 წელს მიიჩნევენ, რაც წინ უსწრებდა საყოველთაოდ ცნობილი ჯვრის მონასტრის აგებას.

მე-16 საუკუნეში შიდა კედლები ფრესკებით ყოფილა მოხატული, რომლებიც ნაწილობრივ დღესაც შემორჩენილია. ამავე პერიოდში მთავარი ტაძრის მიმდებარედ სამრეკლო აშენდა.
1750 წელს საქართველოს მაშინდელმა ეპისკოპოსმა – საბა ტუსიშვილმა გუმბათის აღდგენა გადაწყვიტა, რამაც ტაძრის იერსახე ძალიან შეცვალა. მეფე ერეკლე II-მ გადაწყვეტილება დაუწუნა ეპისკოპოსს და არც თუ უმიზეზოდ. გუმბათი ძალიან დიდი და მძიმე აღმოჩნდა, ამიტომ 1824 წელს მომხდარი მიწისძვრის შედეგად ჩამოიქცა. ეს იყო დასასრულის დასაწყისი. დაზიანებამ გამოიწვია ტაძრის თითქმის სრული დანგრევა 1848 წელს. ამ მძიმე მოვლენების შემდეგ გადარჩა მხოლოდ მცირე ნაწილი, რომელსაც დღეს შეგვიძლია ვესტუმროთ. შემორჩენილია ტაძრის აღმოსავლეთი კედელი და საკურთხევლის ნაწილი. XIX საუკუნეში კომპლექსს მიუშენეს აგურის ეკლესია, რომელიც კარგადაა შემონახული.

კომპლექსის მთელი ტერიტორია შემოსაზღვრულია ქვის მასიური კედლით, რომელიც ოდესღაც საიმედო თავდაცვით ფუნქციას ასრულებდა. ეპისკოპოსის სასახლე აშენდა 1774-1777 წლებში, შენობა მხოლოდ 2 სართულიანია და საეპისკოპოსო ტიტულისთვის ძალიან მოკრძალებულად გამოიყურება. ამჯამად, სასახლეში შესვლა აკრძალულია, რადგან შენობაში დედაოების სავანეა. კომპლექსში მოქმედებს წმინდა ნინოს სახელობის დედათა მონასტერი.